Ein Jahr ist vergangen, seit Thomas (Dylan O?Brien) und die übrigen Gladers aus dem tödlichen Labyrinth entkommen sind und die Brandwüste durchquert haben. Ihre Immunität gegen das Brandvirus macht sie immer noch zur größten Hoffnung für die Menschheit, nur dass das Welt Chaos Katastrophen Department (WCKD, genannt "Wicked") immer noch eine völlig andere Vorstellung davon hat, wie diese Resistenz zu nutzen ist. Und so machen sich Thomas und seine letzten Mitstreiter auf, ihre Freunde aus den Fängen von Wicked zu befreien. Dazu müssten sie allerdings in die berüchtige ?Last City? eindringen, ein von Wicked kontrolliertes Labyrinth ? gefährlicher und tödlicher als jenes, aus dem Thomas und seine Gefährten einst entkamen. Dafür sind in und jenseits der Last City aber auch die Antworten auf alle Fragen zu finden, die sich die Maze Runner schon seit den Tagen im ersten Labyrinth gestellt haben ?